随着人民生活水平的提高、对医疗保健需求的增加，制药产业目前已是当今中国最具生机和活力、最市场化的产业之一。江苏省作为国家重要的医药产业基地，我国唯一的国家级医药高新区——中国医药城也落户泰州，其总体规划面积达25平方公里，正朝着“中国第一、世界有名”的目标快速发展。
我校以中国医药城为依托，在南京理工大学制药工程专业相关专家教授的大力协助下，于2007年设立制药工程专业，并于当年面向全国招生。目前，我专业毕业生除一部分考取南理工、南工大、南京中医药大学等校研究生及第二学位进行继续深造外，大部分在中国医药城及江浙沪制药企业工作，得到了用人单位的一致好评，就业前景非常广阔。
四年的大学生活中，学生主要学习药品生产制造、产品开发、工程设计和生产技术与质量管理等方面的基本理论和基本知识，接受专业实验技能、工艺研究和工程设计的基本科学与工程方法训练，最终具备制药工程专业知识和从事药品、药用辅料、医药中间体以及其他相关产品的技术开发、工程设计和产品生产质量管理等方面的能力，具有良好的职业道德、高度的社会责任感、较强的产品质量意识，能在制药及相关领域的生产企业、科研院所、设计院和管理部门等单位从事产品开发、工程设计、生产技术与质量管理和科技服务等工作或进入本学科及相关学科继续深造。
专业主干课程：药物化学、工业药剂学、药物分析、制药分离工程、制药工程工艺设计、药品生产质量管理工程、制药工艺学。
由于制药行业的特殊性、对产品质量的高严格要求，我专业每年均聘请南理工相关教授及企业专家进行授课和举办讲座，并在日常教学中，严把教师的教学关和学生的考试关，充分加强学生的药品生产、检测等质量意识。为锻炼学生的实践动手能力，提高学生的创新能力，我专业先后在中国医药城及周边制药企业建立了学生实践基地，在校内建立了约4000m2的各类实验室，并对学生开放，构建了“江苏省大学生创新训练计划——院科技创新平台两级实践创新平台，目前已有数名在校学生发表了多篇科技论文，实验室建设在省内独立学院中名列前茅。